安徳天皇の母である高倉平中宮に使えていた女官、按察使局（あぜちのつぼね）伊勢は寿永4年（1185）、3月24日壇ノ浦の戦いの後、千歳川（現筑後川）の辺り鷺野ヶ原（さぎのがはら）に遁れて来て、建久初年（1190）初めて水天宮を祀った。伊勢は後に剃髪して名を千代と改める。周辺の民に請われ加持祈祷などを行っていたところ、霊験あらたかであったため、尊崇するものが日増しに多くなり、尼御前と称えられ、当初、水天宮は尼御前神社と呼ばれていた。

千代女は、中納言 平知盛（とももり）卿の孫、平右忠（すけただ）を養い後嗣とし、現在に至るまで子孫が代々宮司職をつとめている。第22代宮司である眞木和泉守は幕末の激しい動乱期に勤王派の旗頭として、王政復古に一生を捧げた明治維新の先覚者である。

その後、千代女逝去の後、里人その墓を営み松を植えて千代松明神とあがめ奉った。同女は大和国石上布留神社（現石上神宮）の神官の娘にして、墳墓は久留米市内アサヒシューズ株式会社の正門前に在り、奥津城祭（墓前祭）は毎年春に奉仕されている。

古来より水の神として農業・漁業・船舶業者のみならず、子供の守護神、安産、子授の神としても人々の信仰が篤く、畏くも明治天皇御降誕の砌、孝明天皇は当宮へ御祈誓遊ばされ御報賽として御安産の後、鳥の子餅を御内々に御献供遊ばされた。このように御霊験あらたかにより、明治元年10月3日、禁裏御祈祷所（勅願所）に仰せ付けられた名社である。

筑後川流域は戦場になることが多かったため、兵禍を避け幾度も社殿を遷し慶長年間に久留米市新町１丁目に遷り、慶安3年（1650）久留米藩2代藩主有馬忠頼公より現在の社地、社殿の寄進をうけ、この地に遷し奉られる。

文政元年（1818）11月1日には第9代藩主有馬頼徳公が江戸三田の藩邸に御分霊を勧請、明治4年現在の中央区日本橋に御遷座されたのが、現在の東京水天宮である。この他に筑後地方をはじめ、全国、ハワイ等各地に鎮座する水天宮はすべて当宮を本宮とする御分霊社である。